Doktorandplats: AI-baserad modellering av splitsning över celltyper

Vill du bidra till medicinsk forskning av toppkvalitet?

Att vara doktorand innebär att vara antagen till en utbildning på forskarnivå (forskarutbildning) där man följer en individuell studieplan. En doktorand ägnar sig åt ett forskningsprojekt under handledning, kompletterat med kurser och andra lärandeaktiviteter. För en doktorsexamen krävs motsvarande fyra års utbildning på forskarnivå på heltid.

Forskargruppen

Denna Datadriven Life Science (DDLS) finansierade doktorandtjänst finns i Rickard Sandbergs labb vid institutionen för cell- och molekylärbiologi (CMB). Labbet ligger i Biomedicum, en förstklassig forskningsbyggnad med modern infrastruktur och utrustning. Rickards labb har fokuserat på att utveckla encellsteknologier för att studera transkriptionell och post-transkriptionell genreglering. Labbet utför alla aspekter av projekten (experimentellt och beräkningsmässigt) och har ett starkt nätverk av nationella och internationella samarbetspartners. Detta projekt bygger på storskalig fullängds encells RNA-sekvenseringsdata som genereras av labbet (och internationellt), och ligger i framkant när det gäller att heltäckande identifiera celltypsspecifika splitsningsmönster. Avlant Nilsson (CMB) är bihandledare och ä ren expert på neurala nätverks-baserad modellering.

Doktorandprojektet och doktorandens uppgifter

Detta forskningsprojekt fokuserar på att avkoda den regulatoriska grammatiken i RNA:t som kontrollerar celltypsspecifik alternativ splitsning. Modeller för djup maskininlärning gör stora framsteg i samhället och vetenskapen. Flera strategier för att avkoda regulatorisk grammatik i genomiska DNA-sekvenser har nyligen utvecklats, och framförallt transformer nätverk har nyligen extraherat regulatorisk grammatik involverad i genomorganisation, vävnadsspecifikt genuttryck och allmän RNA-splitsning. Detta forskningsprojekt kommer att bygga på all full-längds encellsdata generad inom labbet och internationellt med tillhörande splitsningsmönster per celltyp. Dessa data kommer användas för att träna djupa neuronala nätverk att förutsäga celltypsplitsningsmönster från RNA-sekvens. Kärnan i projektet är att utveckla modeller för djupinlärning som utifrån RNA-sekvens och celltypskontextinformation, kan förutsäga splitsningsmönster för celltyper. För att extrahera meningsfulla biologiska insikter från modellen, kommer in silico mutagenes att utföras för att identifiera RNA-element som är mest förutsägande för celltypsspecifik splitsning. De utvecklade modellerna kommer att bli föremål för experimentell validering genom samarbeten. Slutligen kommer den utvecklade modellen att användas för att tolka mutationer och genetisk variation som är kopplade till mänsklig genetisk sjukdom – för att belysa splitsningskonsekvenserna med celltypsupplösning.

Vad erbjuder vi?

En kreativ, internationell och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. På KI får du träffa forskare med olika forskningsinriktningar som jobbar tillsammans. Det är det gränsöverskridande samarbetet som bidrar till KI:s världsledande position inom forskning. Som doktorand erbjuds du ett individuellt forskningsprojekt, en välutbildad handledare, ett stort utbud av valbara kurser och möjligheten att arbeta i en framgångsrik forskargrupp. Karolinska Institutet har samarbeten med framstående universitet över hela världen, vilket ger möjlighet till internationella utbyten. Som anställd doktorand får du en avtalsenlig lön, du får träna fritt i våra moderna friskvårdsanläggningar och du får ersättning för läkarvård.

Allmän beskrivning av DDLS programmet

Datadriven livsvetenskap (DDLS) använder data, beräkningsmetoder och artificiell intelligens för att studera biologiska system och processer på alla nivåer, från molekylära strukturer och cellulära processer till människans hälsa och de globala ekosystemen. SciLifeLab och Wallenbergs nationella program för datadriven livsvetenskap (DDLS) har som mål att rekrytera och utbilda nästa generations forskare inom datadriven livsvetenskap och skapa globalt ledande kompetens inom beräknings- och datavetenskap för livsvetenskap i Sverige. Programmet har 3,1 miljarder SEK i finansiering (ca 290 MUSD) under 12 år från Knut och Alice Wallenbergs stiftelse.

Under 2024 kommer DDLS forskarskola att lanseras via rekryteringen av 20 akademiska- och 7 industridoktorander. Under programmets gång kommer mer än 260 doktorander och 200 postdoktorer att vara en del av forskarskolan. DDLS-programmet har fyra strategiska forskningsområden: Datadriven precisionsmedicin och diagnostik, Datadriven smittspridning och infektionsbiologi, Datadriven cell- och molekylärbiologi samt Datadriven evolution och biodiversitet. För mer information, se https://www.scilifelab.se/data-driven/ddls-research-school/ .

Livsvetenskapens framtid är datadriven. Kommer du att leda den förändringen med oss?

Datadriven cell- och molekylärbiologi omfattar forskning som fundamentalt förändrar vår kunskap om hur celler fungerar genom att utforska deras molekylära komponenter i tid och rum, från enstaka molekyler till naturliga vävnadsmiljöer.

Behörighetskrav för utbildning på forskarnivå

För att delta i urvalet till en doktorandplats måste du styrka både det grundläggande (A) och det särskilda (B) behörighetskravet innan ansökningsperioden stänger.

Det är ditt ansvar som sökande att styrka din behörighet genom att följa instruktionerna på webbsidan Behörighet till utbildning på forskarnivå.

A) Grundläggande behörighetskrav

Du uppfyller det grundläggande behörighetskravet för utbildning på forskarnivå om du:

• har avlagt en examen på avancerad nivå (magister- eller masterexamen), eller
• har fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå, eller
• har på annat sätt förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.*

Följ instruktionerna på webbsidan Behörighet till utbildning på forskarnivå.

• Om du anser dig ha motsvarande kunskaper ska du följa instruktionerna på webbsidan Bedömning av motsvarande kunskaper för grundläggande behörighet till utbildning på forskarnivå.

B) Särskilt behörighetskrav

Du uppfyller det särskilda behörighetskravet för utbildning på forskarnivå om du:

• Intygar kunskaper i engelska (motsvarande Engelska B/Engelska 6 vid gymnasiet med godkänt betyg).

Följ instruktionerna på webbsidan English language requirements for doctoral education.

Kontroll av dokument Karolinska Institutet gör kontroll av dokumenten för att upptäcka förfalskningar. Karolinska Institutet förbehåller sig rätten att återkalla antagningsbeslut om förfalskningar eller oriktigheter påvisas. Inlämnande av falska handlingar är ett brott mot svensk lag och anses vara grund för rättsliga åtgärder.

Färdigheter och personliga egenskaper

Du bör ha bra kunskap om programmering, datavetenskap, maskininlärning samt grundläggande biologiförståelse. Du bör ha bra förmåga att planera och dokumentera experiment samt att diskutera och presentera resultat.

Det är fördelaktigt om sökanden har erfarenhet av ett eller några av följande:

• Har gedigna erfarenheter inom Python programmering (eller liknande programmeringsspråk), och arbeta med Jupyter notebooks.
• Har gedigna erfarenheter av maskininlärning, ffa djupa neuronala nätverk i Pytorch eller liknande
• Har ett dokumenterat intresse av att förstå biologiska system.

Villkor

Doktorandplatsen innebär en anställning som doktorand under maximalt 4 år på heltid.

-[Video om Karolinska Institutet, hur vi alla bidrar till en bättre hälsa för alla] -

Ansökan

Du söker doktorandplatsen i rekryteringsverktyget Varbi. Använd knappen uppe till höger och följ anvisningarna. Vi ser gärna att din ansökan är skriven på engelska, men det går också bra att ansöka på svenska.

Din ansökan ska innehålla dessa dokument:

• Ett personligt brev och curriculum vitae
• Eventuella examensarbeten och publikationer
• Andra dokument som styrker de ovan efterfrågade färdigheter och egenskaper
• Dokument som styrker det grundläggande behörighetskravet (se A ovan)
• Dokument som styrker det särskilda behörighetskravet (se B ovan)

Urval

Urval bland behöriga sökande görs med hänsyn till deras förmåga att tillgodogöra sig forskarutbildning. En samlad bedömning av de sökandes meriter och lämplighet kommer att göras.

Följande bedömningsgrunder tillämpas vid Karolinska Institutet:

• Dokumenterade ämneskunskaper av betydelse för forskningsområdet
• Analytisk skicklighet
• Övriga dokumenterade kunskaper/erfarenheter som kan ha betydelse för aktuell forskarutbildning

Alla sökanden kommer att få information när rekryteringen är slutförd.

[Lägg in länkar här – bör vara max 2 stycken, t ex länk till institutionen, forskargruppen eller till Din karriär fortsätter här]

Vill du göra skillnad - och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök till Karolinska Institutet Anställningsform: doktorandplats | Anställningens omfattning: heltid | Antal lediga befattningar: 1 | Sysselsättningsgrad: 100 | Ort: Stockholm | Län: Stockholms län | Land: Sweden | Referensnummer: STÖD 2-2019/2024 | Kontakt: Prof. Rickard Sandberg rickard.sandberg@ki.se, Prof. Rickard Sandberg rickard.sandberg@ki.se, | Facklig företrädare: Shahla Rostami, OFR shahla.rostami@ki.se, Shahla Rostami, OFR shahla.rostami@ki.se, Björn Andersson, SACO bjorn.andersson@ki.se, Björn Andersson, SACO bjorn.andersson@ki.se, Elisabeth Valenzuela, SEKO elisabeth.valenzuela@ki.se, Elisabeth Valenzuela, SEKO elisabeth.valenzuela@ki.se, | Publicerat: 2024-05-15 | Sista ansökningsdag: 2024-06-06